La edificación correspondiente al Palacio Arzobispal se sitúa en la esquina sureste del recinto amurallado, limitando con la Plaza de las Bernardas y la Plaza de Palacio. La zona conservada comprende tres alas: las dos que cierran el patio de acceso (Plaza de Armas) y la tercera, que se orienta hacia la Huerta.

El sector conservado del Palacio se alteró profundamente con la reconstrucción posterior al incendio de 1939; Aunque diversas fachadas y muros estructurales originales sobrevivieron al fuego, la introducción de nuevos usos, los procedimientos constructivos aplicados y las continuas reformas llevadas a cabo durante los últimos 50 años con objeto de posibilitar el uso del edificio, han provocado una transformación importante en el edificio. Las fachadas al patio del Aleluya, las cubiertas, los forjados, las escaleras y las tabiquerías interiores, son obras pertenecientes a esa fase y algunos elementos ornamentales procedían del aprovechamiento de piezas recuperadas del palacio incendiado.

La fase de obras iniciada con la reinstauración de la Diócesis Complutense ha permitido la recuperación paulatina del edificio para su uso como sede diocesana, habilitando los espacios originarios y permitiendo una adecuada lectura histórica.